В моем понимании мультисайтовая CMS - система, имеющая один физический инсталл и при этом поддерживающая функционирование нескольких сайтов.

Из плюсов:

• экономия места и времени при добавлении новых сайтов - не нужно дублировать один и тот же код под каждый новый сайт, один раз физически залил CMS на хостинг и в последствии работаешь только с ним;
• экономия на оплате хостинга - достаточно взять минимальный тариф с поддержкой 1 сайта, НО с возможностью добавления новых доменов в качестве альяса к основному. Также достаточно одной базы mysql, для каждого сайта в базе таблицы имеют свой уникальный префикс (для Zebrum, например, mysql вообще не требуется);
• проще делать backup сайтов, т.к. в этом случае достаточно заархивировать одну папку с инсталляцией системы и сделать бекап одной mysql базы;
• проще перенести сайты на другой хостинг - достаточно восстановить из архива одну инсталляцию мультисайтовой CMS в одну же папку и один дамп mysql базы  и, вуаля, - сайты готовы к бою (надеюсь, про dns никто не забыл =);
• проще обновлять систему, т.к. изменение в движке CMS оказывает действие сразу на все сайты.

Сплошные плюсы. Из минусов пока вижу только один, который непосредственно вытекает из 5го пункта - повредится один из файлов CMS и неработоспособными могут оказаться все сайты.